Situé entre l'île d'Aix et la Pointe de la Fumée à laquelle il est relié à marée basse par une passe, le fort Enet est construit sous le Premier Empire afin de barrer l'accès à la rade de l'île d'Aix en complément du fort Boyard et du fort Liédot. Napoléon reprend à son compte un projet de 1763 de l'ingénieur Filley. Les travaux vont débuter en 1802 mais le plan d'origine sera modifié en 1810 par l'Empereur pour des raisons de coût et de délai et des problèmes de fondation. Sa structure se présente alors comme une batterie curviligne fermée à la gorge par un éperon couvrant le magasin à poudre. Ainsi dès 1811, le fort sera remis au Génie de la Marine afin de l'armer.

Dés 1825, d'importants travaux  d'entretiens ont lieu par son implantation en mer de plus il fut plusieurs fois réactualisé jusqu'en 1905. En effet comme pour le fort de l'île Madame, d'importantes modifications auront lieu lors de la Monarchie de Juillet ( vers 1840), le ministre de la Guerre ordonne en 1845 la création d'un second étage de tirs au moyen de casemates soutenant une plate-forme.
En 1863 et 1864, il fut la cible avec le fort Liédot  des premières expériences de tir de l'artillerie rayée, toutefois étant revêtu de plaques de blindage métalliques, il se trouva moins endommagé que son homologue.
D'importants travaux de réhabilitation ont lieu depuis 1994.